传统的菌种筛选都是基于培养平板的，能得到单克隆菌株。但对于发酵表达情况的筛选，只能用烧瓶来开展，然后测量发酵液里面特定物质的含量或者目标物质的生物活性，后期的工作量非常大。
已经有报道指出，用96深孔盘来培养单克隆的多孢菌是可行的（罗莉斯等，2010）。而且，对发酵产物的检测，如果能建立用96孔盘来整板测量的高通量方法，能大幅节省后期对产物进行定量或者定性测量的时间，达到很高的工作效率（齐西珍等，2011；宗莎莎等，2011）。
建立基于96孔板的工程菌株高通量筛选方法后，与传统摇瓶筛选方法相比，“该方法操作简单方便、节省了大量试剂和实验室空间、缩短了菌株筛选周期、加大了菌株初筛数量、可高效、低成本、快速筛选多杀菌素高产菌株”（罗莉斯等，2010）。
高通量筛菌技术在国内刚起步。但这种技术必须不断向微型化、微量化、 廉价化和自动化方向发展，才是国内未来高通量筛菌研究的主要趋势。
