杂交技术是一个完整基因组与另一个完整基因组之间的组合，非单一基因重组：
1. 所有基因都是稳定地存在于基因组的特定位点上，不会漂移发生基因污染；
2. 基因组内的基因可以根据物种自身代谢活动要求而进行有序调控。
3. 基因组之间具有亲缘关系，彼此亲和，不会排斥。
而转基因技术是将没有亲缘关系的外来基因导入：
1. 外来基因不稳定，可能会发生随机重排，也会漂移出去而发生基因污染；
2. 外来基因不可调控，会发生掠夺本物种的代谢资源用于支撑合成大量的外来基因产物，将导致该物种的衰亡直至灭种。
3. 外来基因与本物种和本生态无亲缘关系，彼此不亲和，产生许多排斥现象，最常见的就是产生包涵体排斥外来异物，如细菌细胞中包涵体就是排斥重组蛋白的结果，法国吃转基因玉米的老鼠长满肿瘤，就是排斥产生的包涵体癌瘤。
