微生物肥料可用于拦种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。但以拦种最为简便经济、有效。斯半种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状或液体菌剂加清水稀释，然后与种子充分搅拌，稍晾干后播种，并立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同时拌用作底肥。
微生物肥料是生物活性肥料，因此有特定的施用要求。一是避免开袋后长期不用。开袋后，其他细菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。二是避免在高温干旱条件下使用。在高温干旱条件下使用微生物肥料，客观存在的生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。三是避免与未腐熟的农家肥混用。这类肥料与未腐熟的有机堆肥沤或混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。同时也要注意避免与过酸碱的肥料混合使用。四是避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。
