虽然企业对此研究热情高涨，多数也已取得了阶段性的成果，但至今都没有走上产业化之路，工艺上也处于6～7吨秸秆仅能产出1吨乙醇的水平。随着国内外对纤维素转化乙醇研究力度的加大，其工艺路线已经基本打通，但要想实现产业化，还存在制约瓶颈。
目前纤维素乙醇的生产方式是：先将纤维素在纤维素酶的作用下转化成糖，再进一步发酵成为乙醇。而分解纤维素需要多种生物酶，其过程复杂而昂贵，由此带来的高成本已成为全球范围内纤维素乙醇生产面临的普遍性问题。北京化工大学副校长谭天伟说：“目前纤维素乙醇不能产业化是各种综合因素造成的，但归根结底是卡在了酶上。”
“依照现有技术来看，酶的成本要占到燃料乙醇生产成本的50%以上。”据了解，目前生产1吨燃料乙醇的酶成本一般在2000～4000元。安徽淮北中润生物能源技术开发有限公司朱作霖博士表示，他们在纤维素乙醇的生产中，遇到的最大困难就是酶。他们自己也有酶的研发，但转化率较低，效果较差。因此，所用的酶基本上是从丹麦诺维信和丹尼斯科两家公司买进，酶的成本占到整个工艺生产成本的50%。谭天伟对此表示，只有不断改进纤维素乙醇的生产工艺，使酶的用量降下来，才能降低纤维素乙醇的成本。
国家很重视酶的研究，这项研究也一直得到国家科技部的支持。很多的科研单位和部分企业都进行过相关的工作，而且成果不错，跟国际水平接近。但由于研究成本投入比较多，国内的酶比国外还贵。国内很多的酶制剂公司慢慢被国外打垮，主要原因不是质量不好，而是成本太高。
