药用真菌是指具有保健功能和药用价值的一类真菌。这类真菌多具有较高的药用价值，价格昂贵，但其中的许多种类，如冬虫夏草、块菌、羊肚菌、蚁巢伞、牛肝菌、松口蘑等到目前为止还不能或难以进行人工栽培，仅能从野外采集。近年来，由于国内外市场需求量日渐增大，药农无规划的乱挖滥采使其天然产量下降，并使其生态环境遭到严重破坏。
为保持和发挥我国传统药用真菌的优势，在国外、尤其是东南亚市场能占有并保持竞争优势，专家建议：应利用中科院在微生物真菌和工业微生物方面的研究优势和雄厚的技术力量，及时开展对“难栽培药用真菌”的液体深层培养工作，经工业发酵获得菌粉。这样，在满足市场需求的同时，还将是缓解自然资源压力的一条重要途径。
开展“难栽培药用真菌资源工业化发酵及深层次开发”工作，主要应从以下六个重要方面着手。
1. 药用真菌的菌种收集与鉴定
根据不同药用真菌的分布特点和生长季节，开展野外采集和分离工作，收集菌种。在形态学观察和培养特性研究的基础上，对材料进行DNA提取和序列测定，建立分子生物学数据库和各种难栽培药用真菌的鉴定体系，为工业化发酵提供可靠的菌种。
2. 难栽培药用真菌的深层发酵研究
用现代生物技术开展难栽培药用真菌的菌种驯化、诱导、筛选及保藏研究，并按GAP 标准进行深层发酵，进入中试，为相关保健品和药品的开发提供原材料。
3. 难栽培药用真菌的指纹图谱研究
采用HPLC，毛细管电泳等分析技术对一至两种药用真菌的有效成分进行研究，探讨天然子实体和发酵菌丝体的化学成分差异，建立其指纹图谱并寻找新的有效成分，指导工业化生产发酵。
4. 大型药用真菌基因组文库的构建及功能基因组研究
真菌的分子生物学研究开展较晚，尤其是对大型药用真菌，目前人们对它们的遗传背景和基因的表达调控尚不清楚。建立药用真菌基因组文库将为通过基因工程定向和快速改良药用真菌的品质，以及利用发酵生产具有重大经济价值的外源蛋白等应用项目奠定基础。
5. 药用真菌次生代谢产物的产生及调控机制研究
利用酶学、分子生物学和化学分析技术揭示药用真菌形态发生和相关次生代谢产物生物合成的关系，得到次生代谢产物产生的最优条件。
6. 难栽培药用真菌的次生代谢产物的生物学活性研究
对难栽培药用真菌次生代谢的生物学活性进行筛选，开发保健食品，并加强临床实验研究，进入药品临床试验。
专家建议，希望通过以上的工作可以尽快在我国明确难栽培药用真菌如冬虫夏草、羊肚菌、块菌、蚁巢伞、牛肝菌、松口蘑等的资源分布及系统学地位，收集菌种，建立起各种难栽培药用真菌完善的鉴定体系。同时，希望能建立起2至3种难栽培药用真菌的化学指纹图谱；揭示1至2种难栽培药用真菌的次生代谢产物产生的规律，优化规模化工业生产的工艺。开发2至3种保健食品，并有1种药品进入临床试验。
